[资源分享] 一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法——反转错位数据库

一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法——反转错位数据库
  吴松锋;薛晓芳;张纪阳;应万涛;马洁;钱小红;朱云平;贺福初
  　　反转数据库常被用于估算大规模蛋白质组研究中串联质谱搜索数据库结果的可靠性。然而,对于经典的且现在依然在产出的肽质量指纹谱的数据,这种方法并不适用。为解决该问题,构建了另外一种随机数据库,称为反转错位数据库。这种数据库是在反转数据库的基础上,将序列中的K和R及其后的氨基酸交换位置(对于胰蛋白酶切割的结果)获得。这种处理避免了某些肽段因前后胰蛋白酶酶切位点氨基酸相同而在序列反转后质量依然不变,导致肽质量指纹谱法无法区分的问题。通过串联质谱和肽质量指纹谱测试数据的搜索结果,证明了这种方法同时适用于串联质谱和肽质量指纹谱的数据。这种方法扩大了经典反转数据库的适用范围,将对评估和整合串联质谱和肽质量指纹谱的数据具有重要意义。
【作者单位】：军事医学科学院放射与辐射医学研究所 蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;军事医学科学院放射与辐射医学研究所;蛋白质组学国家重点实验室;北京蛋白质组研究中心;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206
【关键词】：蛋白质组;反转数据库;反转错位数据库;肽质量指纹谱
【基金】：国家自然科学基金资助项目(Nos.20605028,30321003);北京市科技计划(No.H03023080590)资助项目
【分类号】：Q51-3
【DOI】：CNKI:SUN:FXHX.0.2008-04-007
【正文快照】：
　　1引言质谱鉴定和数据库搜索的联合,已被广泛应用于大规模蛋白质组研究中。然而,在大规模蛋白质鉴定的过程中,高假阳性率是其中最棘手的问题之一[1]。一般的搜索引擎,诸如Mascot[2]和SEQUEST[3],会通过给每个鉴定结果特定的打分值表示其鉴定结果的可靠性高低。为了评估这些分值
Reversed-shift Database:Alternative Method to Evaluate Peptide Mass Fingerprint Results
  Wu Song-Feng;Xue Xiao-Fang;Zhang Ji-Yang;Ying Wan-Tao;Ma Jie;Qian Xiao-Hong;Zhu Yun-Ping;He Fu-Chu National Key Laboratory of Proteomcs;Beijing Proteome Research Center;Beijing Institute of Radiation Medicine;Beijing 102206)
  　Reversed database is popularly used to estimate the con fidence level of database searching results from tandem MS data in large-scale proteomic research.However,it is not suitable for the evaluation of peptide ma ss fingerprint(PMF)data,which is a classical protein identification approach a nd still generously used today.In this study,another kind of database called "reversed-shift database" is constructed by exchanging the "K" or "R" ami no acid(for the fully tryptic peptides)with their following amino acids,which was demonstrated to be effective for evaluating both tandem MS and PMF data.Re versed-shift processing could avoid the unchanged mass weight of parent ions in the reversed processing for those peptides with the same cleavage site amino ac id occurred in the end of peptide and its leading one,which could not be separa ted by PMF results.Reversed-shift database presents an efficient approach for the evaluation of the large-scale peptide fragment fingerprint(PFF),PMF an d their combined identified results should be a powerful tool in the integrati on of PMF and tandem MS data.


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